Да не би да се захранваш през пин на контролера? Т.е. ти му спираш захранването ама не баш, щото той продължава да се захранва от някой вход примерно. Съответно очакваш да се рестартира но той не.

Друг вариант - пробвай да го рестартираш ръчно (през RESET пина) и виж дали ще има ефект.
И последно за което се сещам - RESET пина разрешен ли е? При някои PIC тоя пин е с множествена (склероза) функционалност...

Ами премахнах големия кондензатор и реших проблема. Става следното - след подаване на команда за спиране, контролерът спира да тактува захранването, но отнема време да се изчерпи 100uF кондензатор(схемата не черпи много). Ако опиташ да подадеш нова команда примерно 0,5s след командата за стоп, очевидно контролерът не успява да си стартира осцилатора и остава на вградения, който обаче е по-бавен и комуникацията по UART не върви и програмата като не получава правилните отговори рестартира...