Как да разбера в C/C++ код коя конфигурация на Eclipse е активна в момента ?
Очаквах нещо от рода на __DEBUG или __DEBUG__ ...

Не мисля че има такъв дефиниран флаг по подразбиране. Въпреки това винаги можеш сам да си сложиш такъв по отделно за всяка конфигурация. Предполагам знаеш от къде да дефинираш свой, но все пак -
Project settings -> C/C++ Build -> Settings -> Tool Settings -> (Cross ) GCC Compiler -> Preprocessor -> Defined Symbols (-D)

Да, знам къде да го дефинирам, но проблема е, че трябва да го дефинирам на три места:
препроцесор за асемблера, препроцесора за C, и препроцесора за C++, а искам да е на
едно място.

Опитах нещо друго и засега се получи добре. В Debug конфигурацията добавих към
cross_toolchain_flags променливата "-D__DEBUG__":
Properties -> C/C++ Build -> Build Variables -> cross_toolchain_flags