Значи да кажа първо - опитът ми с механичните кадове е съвсем близо до нула.
Опитвам се да направя проста редакция на един .step файл. Искам да махна дългите пинове и да оставя само пънчетата им в горната част.
Как се прави това? Или трябва да търся друг формат файл?

Теоретично е възможно, но при export трябва да зададеш ExpandCompoundShape. На мен не ми се е налагало, затова няма как да ти дам по-добър съвет. Мисля, че al_at е експерт по FreeCad, вероятно и той ще помогне.
Повече информация тук:

https://forum.freecadweb.org/viewtopic.php?t=49083

Ами във фрикад не знам как става във Фюжън/Солид може да го резнеш, в солида се казва extrude cut, във фюжъна го помня визуални, не му знам името. Има и други варианти, може да преместиш лицето /face/ на Пина до пънчето, но това е по голяма играчка и не със всички импортнати степове става.
Ако ти е спешно метни го и ще ти го върна след минутка

d_jelev е отговорил на въпроса - само с уточнението, че става дума за import.
Т.е. преди import на step файла, трябва да се зададе Edit->Preferences->Import-Export->Step->Import->Expand Compound Shape.
Тогава би трябвало да могат да се избират части от импортираното и съответно, да могат да се трият.
Ако това не сработи, трябва да се измерят размерите и местоположението на пиновете и да се начертае Cube със същите размери
и на същото място и да се направи Cut, която операция изважда от основния обект начертания Cube.
Това се намира в инструмента Part. Нарочно употребявам термина на FreeCAD Cube, въпреки, че става дума за паралелипипед.
П.С. Чак експерт още не съм станал. Много неща научих, но не правя много често модели и забравям наученото.
Оня ден трябваше да направя модел на един насочен отклонител - загубих един ден, докато си спомня, че трябва като сменя нещо
в някой обект, да направя recompute object.

На мен ми трябваше само за визуализация, така че не беше критично. В крайна смекта махнах целите крака и зарязах мъката.
Но може би просто за спорта ще опитам метода на d_jelev

FreeCad не е лош продукт, но има доста особености.
Например правиш от cut -> solid и изведнъж се оказва, че има няколко обекта на различни места с координати 0/0/0.

Да не отварям нова тема, някой играл ли си е "сглобява" STEP на кутия и платка във Freecad - някакви съвети или плъгини за това? Има някакви А2плюс или нещо подобно, но не съм го пробвал.

Интересува ме как се импортват двата файла и я последствие се нагласят един спрямо друг, ако има някакви особености?

Първо от меша правиш солид боди. Всеки обект в различно боди.
После в асембли туулбокса ги наместваш.

Дан, STEP не е Mesh, така, че няма нужда от тази стъпка.
Направо Нов проект-> Assembly Toolbox -> File -> Import -> STEP1(PCB) -> File -> Import -> STEP2(BOX)
Properties PCB -> Placement -> Change x,y,z or rotations

Не разбрах като ги въртиш, как изключваш единия.
Примерно намествам кутията в някаква позиция, фиксирам я(изключвам я) и после нагласяш напред-назад, нагоре-надолу борда вътре в кутията. След това махаш фиксирането и въртиш цялата сглобка.

Да не е меш, ипорт на два степ-а. Или по-скоро - отваряш един степ и импортираш втория.

После, предполагам, можеш и да ги мърджнеш и да експортнеш резултата в нов STEP или дори STL, ако искаш да печаташ.