Дойде време за прототипи . Има ли някакъв проблем ако имам дупки с близки размери - гледам в таблицата и виждам 1, 1.02, 1.1мм., 0.4 и 0.43мм. Да ги оставям ли така или да ги редактирам(компонентите, проходните отвори), т.е. да останат 1.1мм и 0.4мм?

проблеми няма, в едросерийно производство може да свали цената, по-малко смени на свредла, едва ли някоя платкаджийница го взема в предвид. Никога не е зле да знаеш през каква стъпка са свредлата на платкаджийницата и да си оправиш твоите размери, щото като е между два, може да вземат и единия, и другия или пък да те питат ...

По всяка вероятност ще ти ги закрълят до най-близкия наличен размер. Зависи с какви свредла разполагат, може да е по метричната или по имперската система. Предполагам.
Поне Хардтех редовно си измислят размери (често крайния размер не е точно като зададения).

Хубаво е да минимизираш броя варианти размери на отворите. И да провериш в платкаджийницата дали е краен размер след метализацията, че да няма изненади.