Днес това ми уби много време докато открия отде идва проблема. Ъпдейтнах си версията на Атмел Студиото до новата 7.01417. След което спря да ми вижда J-Linka.
След дълго ровене стигнах до проблема
C:\Program Files (x86)\Atmel\Studio\7.0\atbackend
JLinkARM.dll трябва да се възстанови тук и всичко тръгва като слънце.
Предполагам и някой друг ще я настъпи тая мотика