По конкретно въпроса ми е - какво се случва с типично линукски файлове (по точно символни линкове), когато се копират върху FAT32 и/или NTFS?

Еретичната мисъл която ми се върти е да имам споделен дял от диска между Линукс и бозата. Но линукса си има символни линкове в тая директория. Бозата не ги ползва, не и трябват, само линукса ги ползва, ама понеже въпросния дял ще е най-вероятно NTFS, ще пречи ли това на Линукса да си ползва символните линкове.

ами как да ползва нещо, което го няма?

ако ще копираш файлове от linux към нещо друго, разгледай опциите на cp, там има специални варианти какво да се прави с линковете. но за обратното (от NTFS към LINUX) няма как.

аз споделени партишъни ползвам за музика, pdf-и и подобни неща.

ясно...